Arrêts de longue maladie dans la fonction publique territoriale
Réponse complète: "  Conformément à l'article 57 3° de la loi n° 84-53 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale, "le fonctionnaire qui a obtenu un congé de longue maladie ne peut bénéficier d'un autre congé de cette nature s'il n'a pas auparavant repris l'exercice de ses fonctions pendant un an". Le placement en congé de maladie ordinaire avant l'issue de cette période d'un an conduit à suspendre le décompte de cette durée. 
En effet, dans un arrêt du 6 avril 2007 (req. n° 258736), le Conseil d'État a jugé que "si un fonctionnaire en congé de maladie ordinaire est en position d'activité, il n'exerce pas ses fonctions durant la période considérée". 
La condition d'exercice des fonctions n'étant donc pas satisfaite, le temps passé en congé de maladie ordinaire ne peut pas être pris en compte dans l'année d'exercice des fonctions exigée par l'article 57 3° précité. 
Ces règles applicables à la fonction publique territoriale sont les mêmes que celles qui s'appliquent à la fonction publique de l'État et qui sont fixées par l'article 34 3° de la loi n° 84-16 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'État et la circulaire du 30 janvier 1989 qui précise que "pour pouvoir bénéficier d'un nouveau congé de longue maladie en cas de rechute ou de nouvelle maladie, le fonctionnaire doit avoir repris effectivement ses fonctions pendant un an depuis le précédent congé"
Sénat - 2013-08-01 - Réponse ministérielle N° 06186
http://www.senat.fr/questions/base/2013/qSEQ130506186.html